Shell: bash。它结合了 csh 和 ksh 的优点，并且有 readline 功能，你可以随意绑定自己的键盘。
编辑器： VIM, Emacs。
程序开发： GCC, make, ld, Scheme48, j2sdk, Perl, Python, Tcl/Tk ...
论文，幻灯工具：LaTeX, ConTeXt
绘图工具：MetaPost。这个语言太强了，以至于我只用它了。你不熟悉的话可以用xfig, dia 来画一些流程图之类的图片。
图像处理：ImageMagick。其中的 import 程序可以屏幕抓图，convert 程序可以转换图像格式，display 可以显示图片和简单编辑(缩放，换质量，转格式，简单绘图，简单虑镜)。通常我就这么点需要。如果你要更强大的图像工具可以用 Gimp, 它几乎和Photoshop差不多。
自动管理工具：make。我可以用make来自动编译程序，自动编译文档，自动更新插图…… 全自动，而且不会重复劳动。
数值计算程序：SciLab。这个程序基本上可以代替 Matlab。
代数计算程序：MAXIMA。这个程序基于世界上最老的计算机代数系统之一: 由美国能源部(DOE)发行的 MIT Macsyma 系统。它是用 Common Lisp 实现的。很多现在的符号计算程序比如 Maple 都从 MAXIMA 身上学到很多东西。它现在经过 DOE 批准以GPL发行，永远是一个自由软件。
加密程序：GnuPG。我的 PGP 密钥就是它搞出来的。
打包，压缩程序。什么都有: tar, gzip, bzip2, zip, rar, ...
虚拟光驱程序。Linux 不需要虚拟光驱程序，直接 mount 就行了。
ftp 服务器：proftpd, vsftpd。proftpd 功能很强，但是我只用了最简单的一种设置。
WWW 服务器：apache。(我一般没有开)
ftp 客户程序：lftp，ncftp。它们都是文本方式操作的，但是比起图形界面的方便的多。比如 lftp 几乎具有 bash 的所有方便功能，Tab 补全，bookmark, queue, 后台下载，镜像…… Linux 也有图形界面的 ftp 客户程序，但是大多不稳定，有很多问题。这就是很多人抱怨 Linux 不如 Windows 的一个小原因。还有很多人用 Wine 模拟 Windows 的leapftp，其实 lftp 比 leapftp 好很多，你需要的只是适应一下。
自动下载工具：wget。它非常稳定，有一次我下载一个程序，用 IE 和 Mozilla 下载回来的文件都是坏的，最后还是 wget 可靠的传输了数据。用它甚至可以镜像整个网站，比起WebZip 这样的 Windows 程序强多了，而且不会因为你不付钱就在下载回来的网页里强制插入广告。
虚拟终端：rxvt, xterm, gnome-terminal, mlterm, ...
X server: XFree86
窗口管理器：FVWM。编译加入了 libstroke。
中文输入：XSIM。被我修改过以适应 FVWM 的需要。另外推荐你还可以用 SCIM。
email 处理：Mutt + Postfix + fetchmail
看 PDF, PS, DJVU 文件：Acrobat Reader, xpdf, GhostScript, gv, djvu工具包和netscape 插件。
看CAJ文档。我从来不看CAJ之类的文档，如果找不到PDF或PS，直接去图书馆借最好。
看网页：Mozilla, Phoenix, lynx。Mozilla-Xft 的显示效果比IE 好很多。
英汉字典：IBM智能词典，星际译王。
编辑网页：我用VIM 直接写 HTML。你如果想要图形方式的可以用其它的比如screem, BlueFish。
登录其它 UNIX, Linux 机器：openSSH, telnet。 我喜欢用 openSSH 把其它机器的X 程序通过 ssh 加密的隧道传到我机器上显示。
登录 Windows2000 server 的 display service: rdesktop，...我有一天试了一下，不错。后来就没有用过了。
同步程序：rsync。我用 rsync 通过 ssh 来跟某些机器同步数据，或者做自己机器上不同目录间的同步。
上BBS：rxvt(或任何一种终端) + telnet + chatbot(helloooo 机器人的程序)
QQ, ICQ: 我没有 QQ 或 ICQ。不过你可以用 Gaim, 它同时支持 QQ, ICQ 和很多其它的即时通信方式。ICQ 用户也可以用 Licq。
放录像：MPlayer, RealPlayer。MPlayer 太好了，直接就可以放 VCD, DVD, divx, wma, wmv ... 用 Windows 的同学都很羡慕我，说 Windows 要放这个需要大堆插件。rm 最好还是用 realplayer 放，它也是免费的。
放音乐： xmms(mp3,ogg都可以), mpg321(放mp3), ogg123(放ogg)。mpg321 不如xmms管理音乐文件那么方便，但是有时我还是用 mpg321 放 mp3 作为背景音乐，因为懒得开一个xmms窗口:-)
游戏：我觉得 KDE 的那个 ksokoban(推箱子)，很好玩 :-)
看 Word 文档。请 Word 用户把文档全部转为 PDF 或 PS 再给我，文档里没有特殊的格式干脆就用文本吧，何必那么麻烦。以前很奇怪的是，通知里本来没有什么特殊的格式居然还要发doc附件的email。现在好了，我们系发通知都用文本，PDF，甚至图片了。
其它程序：还有很多我需要用而你不一定用得着的。比如，Doctor Scheme,
Scheme48, Scsh, kawa...这些程序只有 Doctor Scheme 有Windows版本。还有很多幕后工作但是你一般不察觉的：xinetd, telnetd, sshd, crond, atd, lpd, ... 他们都比 Windows 的对应者强的多，或者根本没有对应者。